肺结核的诊断目前主要依靠两种手段，一种是痰结核菌的检查，另一种是胸部拍X光片。

当结核菌侵入人体后，往往会因为大量繁殖而造成肺部的病变，此时，繁殖的结核菌以及破坏后坏死的肺组织，会随着痰液被咳出来。对这些痰进行涂片，并经过染色，有可能发现痰液中存在的结核菌而诊断为肺结核（被称为菌阳肺结核）。但是，也有相当一部分的患者，虽然也有肺部的病变，但由于痰液留取方法不正确、细菌量过少等各种原因，查不到结核菌，这部分患者可以通过拍摄胸部X光片，发现肺部被结核菌破坏的影像，从而诊断为肺结核（被称为菌阴肺结核）。